Бух учет осуществляется согласно:
- Федеральному закону «О бухгалтерском учете»;
- приказу Министерства финансов РФ от 31.10.2000 № 94н «Об утверждении плана счетов бухгалтерского учета финансово-хозяйственной деятельности организаций и инструкции по его применению» (далее - приказ Минфина России № 94н);
- положениям (стандартам) по бухгалтерскому учету, устанавливающим принципы, правила и способы ведения организациями учета хозяйственных операций, составления и представления бухгалтерской отчетности;
- другими нормативными актами и методическими указаниями по вопросам бухгалтерского учета.
При составлении и представлении бухг отчетность необходимо руководствоваться:
- приказом Министерства финансов РФ от 06.07.1999 № 43н «Об утверждении Положения по бухгалтерскому учету "Бухгалтерская отчетность организации"» (далее - ПБУ 4/99);
- приказом Министерства финансов РФ от 22.07.2003 № 67н «О формах бухгалтерской отчетности организаций» (далее - приказ Минфина России № 67н).
При осуществлении бухгалтерского учета автономным учреждениям необходимо обособленно учитывать:
- средства, полученные в виде субвенций и субсидий и расходы, произведенные за их счет;
- доходы (расходы), полученные (произведенные) для ведения самостоятельной хозяйственной деятельности;
- недвижимое и особо ценное имущество, закрепленное учредителем или приобретенное за счет средств, выделенных учредителем на приобретение такого имущества.
Автономные учреждения представляют бухгалтерскую отчетность в соответствии с пунктом 12 статьи 2Федерального закона «Об автономных учреждениях»:
- органам государственной статистики;
- налоговым органам;
- иным органам и лицам в соответствии с законодательством РФ и уставом автономного учреждения.
О достоверности годовой бухгалтерской отчетности автономного учреждения требуется аудиторское заключение (пункт 13 статьи 2 Федерального закона «Об автономных учреждениях»).
Кроме того, автономное учреждение должно обеспечить открытость и доступность, в т. ч. и для СМИ, своих документов (пункт 13 статьи 2 Федерального закона «Об автономных учреждениях»):
- устава автономного учреждения, в т. ч. внесенных в него изменений;
- свидетельства о государственной регистрации автономного учреждения;
- решения учредителя о создании автономного учреждения;
- решения учредителя о назначении руководителя автономного учреждения;
- положения о филиалах, представительствах автономного учреждения;
- сведений о составе наблюдательного совета автономного учреждения;
- план финансово-хозяйственной деятельности автономного учреждения;
- годовой бухгалтерской отчетности (аудиторского заключения).
Налогообложение автономных и бюджетных учреждений имеют некоторые различия.
Автономные учреждения вправе уплачивать квартальные платежи по налогу на прибыль лишь на общих основаниях, т. е. если размер выручки в предыдущих четырех кварталах не превышал в среднем 3 млн рублей за каждый квартал, в то время как бюджетные учреждения вправе пользоваться этой возможностью независимо от размера дохода (пункт 3 статьи 286 НК РФ).
На автономные учреждения не распространяются положения, предусмотренные статьей 321.1 НК РФ, т. к. они касаются только бюджетных учреждений.
Автономные учреждения могут переходить на упрощенную систему налогообложения, т. к. ограничения для перехода установлены только для бюджетных учреждений (подпункт 17 пункта 3 статьи 346.12 НК РФ). Однако для автономных учреждений сохранены следующие особенности налогообложения бюджетных учреждений.
Безвозмездная передача основных средств автономным учреждениям не будет облагаться НДС (подпункт 5 пункта 2 статьи 146 НК РФ).
В статье 146 НК РФ изменена редакция подпункта 5 пункта 2. Теперь не облагается НДС передача на безвозмездной основе объектов основных средств органам государственной власти и управления и органам самоуправления, а также государственным и муниципальным учреждениям, государственным и муниципальным унитарным предприятиям.
Следовательно, поскольку автономные учреждения являются государственными учреждениями, при осуществлении указанных выше операций они также освобождаются от уплаты НДС.
Внесено дополнение в подпункт 8 пункта 1 статьи 251 НК РФ. Так, при определении налоговой базы не учитываются следующие доходы - в виде имущества, полученного государственными и муниципальными учреждениями по решению органов исполнительной власти всех уровней.
Значит, при передаче имущества автономному учреждению по решению органа исполнительной власти оно освобождается от уплаты налога на прибыль со стоимости этого имущества.
Имущество, полученное автономным учреждением по решению органов исполнительной власти всех уровней, не относится к доходам при исчислении налога на прибыль (подпункт 8 пункта 1 статьи 251 НК РФ).
Средства, выделяемые автономным учреждениям в форме субсидий и субвенций, признаются средствами целевого финансирования и не относятся к доходам, облагаемым налогом на прибыль (подпункт 14 пункта 1статьи 251 НК РФ).
В соответствии с пунктом 3 статьи 41 БК РФ, доходы от предпринимательской деятельности бюджетных учреждений учитываются в составе неналоговых доходов бюджетов после уплаты налогов и сборов, предусмотренных законодательством о налогах и сборах.